由于受到凡尔赛条约的限制德国军备与飞机，甚至电动飞机的生产，当时的德国政府便成立了滑翔机俱乐部来训练飞行员。加入俱乐部不久后的霍顿兄弟开始对飞翼设计产生兴趣，希望能找到一种提高滑翔机性能的方法。随后霍顿兄弟便设计出来一套大胆的方案，去除机身与尾翼只保留相对短而坚固的机翼的飞翼布局，这种布局可以消除对尾翼和相关控制面的需求，并且在理论上提供了尽可能低的重量与阻力，最后霍顿H.IV滑翔翼产生了。
到了1943年，德国空军首席执行官赫尔曼·戈林（Herman Goering）提出了一种所谓的3x1000规格，该规格可以以每小时1000公里的速度飞行，载有1000公斤炸弹，燃料足以飞行1000公里并返回，而仍然保留了三分之一用于战斗的燃料供应。该规格内的飞机需要在击中英国的目标后，可以战胜任何前来进行拦截的战斗机。
▲年轻时候的赫尔曼·戈林
显然，要满足如此高的速度就必须要研发新型的涡轮喷气发动机，但新型喷气发动机的燃料消耗又非常高，根本无法达到远程袭击目标的需求。霍顿兄弟便提出使用无尾翼的飞翼布局的想法，这种布局几乎不会产生阻力，能在减少燃料消耗的同时利用低速的巡航动力来满足航程的要求。1943年8月，政府航空部批准了他们的项目，但下令增加两门30毫米机炮，因为他们认为这架飞机也可以作为战斗机使用，它的预估最高速度超过了所有的同盟国拦截机。
▲Jumo 004喷气式涡轮发动机
他们首先制造了一种无动力滑翔机，命名为H.IX V1。H.IX V1的机翼为长而薄的渗碳胶合板制成的后掠翼，该重型机翼弥补了缺乏尾翼造成的偏航问题，利用副翼和升降机的组合外加两组扰流板控制方向。当扰流板作用时，这些部件会产生不同的移动以引起侧倾，或者沿同一方向改变仰角来控制航向。
1944年3月，H.IX V1滑翔机在成测试成功后，便开始了Ho 229 V2原型机的设计。戈林认为该机型非常符合他的预想，尽管H.IX V1没有安装喷气发动机进行飞行，他还是从Gothaer Waggonfabrik订购了40架代号为Ho 229的飞机。
Ho 229 V2原型机具有原始的弹射座椅和一个减速伞，搭配了两台Jumo 004B涡轮喷气发动机，并安装了重新设计的三点式起落架用于承受更大的载荷，由于木质机翼的缘故又增加了一套用于协助冷却发动机的空冷系统。最开始Ho 229 V2打算采用BMW的003型发动机，但由于未能及时完成战备生产，便改用容克的Jumo 004作为替代品。
1945年2月2日，Ho 229 V2原型机在奥拉宁堡进行了首次试飞，这架蝙蝠外形的飞机表现出了平稳的操控性和良好的抗失速能力，只有中等的横向不稳定性。据报道说，随后的一次模拟混战中Ho 229 V2原型机甚至击败了同样配备Jumo 004发动机的Me262喷气式战斗机。
但不幸的是，随后的两个星期Ho 229 V2进行第三次试飞的时候灾难发生了，当Ho 229 V2飞行到800米高度的时候，一台Jumo 004发动机突然失火停机，齐勒（Ziller）将飞机俯冲并拉升了几次，在20°倾斜角处进行了四个完整的转弯，以试图重新启动发动机并保存珍贵的原型。但由于引擎燃烧的烟雾，他可能已经失去了知觉，齐勒没有使用他的收音机或从飞机上弹出。最后飞机在飞机场边界外坠毁，齐勒因撞击而从飞机上摔下来，两周后因伤势过重而去世。至此，仅剩的原型飞机被完全摧毁，另一架原型机在第二次试飞时因为在着陆时过早地打开减速伞而导致的重着陆而损坏。
尽管项目遭受严重挫折，但还是持续了下来。1945年3月，美军穿越莱茵河一周后，Ho 299被纳入了紧急战斗机计划，以加速生产廉价的"神奇武器“。同月，原型车间搬到了图林根州西部弗里德里希罗达的Gothaer Waggonfabrik（Gotha），并开始了第三个Ho 229 V3原型机的设计工作。V3较V2体型要大，其外形都做了很大的修改，而且在机翼加装了两门MK 108 30毫米机炮，发动机也改为Jumo 004C型，其推力比早期的Jumo 004b大10%。另有两架用于夜间战斗的V4和V5原型机，V6测试机和V7双座教练机的也在生产中。
不过，随后的H229都没有飞起来过，因为1945年4月美军攻入了弗里德里希罗达的工厂，发现了处于开发阶段的原型机驾驶舱，以及75英里外的一对机翼。随后4个原型中最完整的V3原型机连同机翼被运回美国进行研究，随后作为唯一一架幸存的二战德国喷气式飞机原型存放在位于弗吉尼亚州尚蒂利的美国航空航天博物馆。
关于Ho229是不是隐形战斗机总共问题，目前还没有任何文献资料可以证明在当时存在这种观点。霍顿只是偶尔发现了一种机翼设计，恰巧使其适合于减小雷达横截面，而成为隐形飞机的理想选择。
战后，雷马尔·霍顿移居阿根廷并发表了一篇文章，称他发现木质飞机可以吸收雷达波，于是便将可吸收雷达波的碳粉、锯末与木胶混合在一起来制造V1的机身，且未告知其上司。大部分人对这种说法表示不可信，历史学家也对Ho 299一开始就将隐身设计作为最初设计目的说法持怀疑态度。
2008年，诺斯罗普·格鲁曼公司与国家地理频道合作，花费25万美元和2500个小时重建了Ho229的全尺寸模型，并对其进行了雷达反射测试。与英国当时使用的雷达频率Chain Home进行模拟对比，发现Ho229的正面雷达发射面仅为BF 109战斗机的40%。
这意味着Ho229具有一定的隐身性能，但并不能完全避开雷达扫描，只是较其他飞机晚一些发现，但结合其900公里/ 时的飞行速度，当时的拦截战斗机根本没有太多的时间做出有效反应。随后格鲁曼公司的团队对V3的木质中心截面进行了取样检测，但并未发现任何的木炭成分。
▲Horten Ho 229 V3胶合板的这一横截面显示了5层组件的层状结构，这些组件通过厚的黑色粘合剂相互粘合。
因此得出的结论是Ho229的隐身性能与霍顿所说的炭胶没有任何关系，没有任何证据可以证明炭的吸收性，只是因为其外形设计与木质胶合板外壳的使用，恰巧使其具有吸收雷达信号的特性。
Ho 229可能是第二次世界大战中的强大对手，但实际上，这架飞机尚未准备好在战争结束前进行大规模生产。
